Het onderwijs op de Vrije Scholen is gebaseerd op de menskunde die door Rudolf Steiner op grond van zijn geesteswetenschappelijk onderzoek is ontwikkeld en in tal van publicaties en voordrachten is beschreven. Kernpunt van de onderzoeksresultaten is het inzicht, dat ieder mens een uniek wezen is dat, in samenspel met andere wezens, een lange ontwikkelingsgang doormaakt die door vele incarnaties op aarde heen gaat.
Bij elke nieuwe belichaming treedt de menselijke individualiteit dus opnieuw in de aardewereld, waarbij de vruchten van het voorafgaande doorwerken in levenscondities en doelstellingen voor het nieuwe leven.
De verbinding van de geestelijke individualiteit van de mens met het stoffelijke lichaam vindt plaats door middel van de menselijke ziel. De ziel vormt dus een middengebied, waarin de impulsen uit de geestelijke wereld en die uit de lichamelijke wereld elkaar ontmoeten en in wisselwerking treden. De manier waarop dit plaatsvindt is niet alleen afhankelijk van de gegeven geestelijke en lichamelijke condities, maar wordt ook in belangrijke mate beïnvloed door omgevingsfactoren.
Hier ligt dus het aangrijpingspunt voor opvoeding en onderwijs: door op adequate wijze in te spelen op de zieleprocessen kan de stapsgewijs hechter wordende verbinding tussen geest en lichaam ondersteund worden en daarmee een gezonde basis worden gelegd voor het latere leven.